康德波羅的海聯(lián)邦大學(xué)歷史可追述到。普魯士公國(guó)時(shí)期創(chuàng)建的著名學(xué)術(shù)中心——柯尼斯堡大學(xué)
1544年-1945年這里是普魯士以及后來(lái)的德國(guó)主要的學(xué)術(shù)中心之一，培養(yǎng)了伊曼努爾·康德，古斯塔夫·基爾霍夫，阿諾·索末菲等享譽(yù)世界的學(xué)術(shù)大家。
1945年，第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束，德國(guó)戰(zhàn)敗，根據(jù)《波茨坦公告》柯尼斯堡劃歸蘇聯(lián)所有，1946年為紀(jì)念剛逝世的蘇聯(lián)最高蘇維埃主席團(tuán)主席米哈伊爾·伊萬(wàn)諾維奇·加里寧，柯尼斯堡更名為加里寧格勒。1947年蘇聯(lián)在柯尼斯堡大學(xué)的原址上建立了加里寧格勒國(guó)立教育研究所，1966年更名為加里寧格勒國(guó)立大學(xué)，2005年，根據(jù)俄羅斯聯(lián)邦政府法令更名為康德俄羅斯國(guó)立大學(xué)。截至2005年，該大學(xué)擁有大約12800名學(xué)生，580名教職員工。
2011年初經(jīng)俄羅斯教育部批準(zhǔn)，總統(tǒng)梅德韋杰夫簽發(fā)命令，將康德國(guó)立大學(xué)升級(jí)聯(lián)邦級(jí)別大學(xué)，更名為康德波羅的海聯(lián)邦大學(xué)，成為俄羅斯九所聯(lián)邦大學(xué)之一。并在2013年進(jìn)入[1]  （類(lèi)似中國(guó)985大學(xué)計(jì)劃），獲得俄羅斯聯(lián)邦教育部財(cái)政重點(diǎn)支持。
康德波羅的海聯(lián)邦大學(xué)位于俄羅斯西部地區(qū)的中心加里寧格勒市，是俄羅斯聯(lián)邦西北區(qū)高等教育和研究中心之一。所在城市加里寧格勒州是俄羅斯聯(lián)邦最小的州，它位于俄羅斯的最西邊，有著與其它地區(qū)相比獨(dú)特的地理狀況。加里寧格勒州南鄰波蘭，東北部和東部與立陶宛接壤，與俄羅斯本土不相鄰，是一塊飛地。從加里寧格勒到華沙、布拉格距離為400公里，到柏林、哥本哈根、斯德哥爾摩的距離均在600公里內(nèi)。