博物馆总共为三层，大厅中堂为四方结构，被三层走廊所环绕。在走廊的栏盒设计上，包辉也做足了功夫。本身简单而不起眼的栏盒，被包辉赋予了新意，他将栏盒设计为歌剧院包厢的形状，并将博物馆大厅比喻为人生的舞台，行走在每一层的人们，都可以通过栏盒的 “包厢”，欣赏历史的舞剧，感受人生的变换。
表现出岭南文化与现代文化的结合。
在博物馆的贵宾厅中，天花中的设计元素源于“咸头岭”文化。整个天花为金色色调，包辉将一些考古现场的纹样图片运用到天花的图案之中，用一片片泥瓦片的形式，构成丰富的空间层次感，这种表现手法也是包辉首创。天花上每一块文样图片，正是深圳文化长河中的片段展示。